麦迪逊的田园生活没过了几年就宣告结束,到底还是不能忘情于政治。眼看联邦党控制的议会出台了一项项与宪法精神背道相驰的法案,宪法之父终于坐不住了,重新出山,与杰斐逊合作,秘密起草了Virginia and Kentucky Resolutions,宣布国会通过的法案违宪,州议会有权将之废除。其时担任弗吉尼亚州长的正是麦迪逊的老冤家对头Monroe。在杰斐逊的调解下,两人尽释前嫌,就此结为莫逆之交。1800年大选中麦迪逊积极为杰斐逊摇旗呐喊,杰斐逊入主白宫后,麦迪逊出任国务卿。在之后的八年中,两人在外交事物上合作无间,宛若一人。但杰斐逊任期届满的时候,却提名Monroe当下一任总统候选人,原因自然还是麦迪逊历史上不清白,一度是联邦党人。不过大多数民主党议员认为麦迪逊联邦党的背景,对争取北方的选票有利,在民主党大会上否决了杰斐逊的推荐,推举麦迪逊当民主党的总统候选人。联邦党在失去了汉密尔顿之后人才凋零,没有重量级的人物能和麦迪逊同台竞争,麦迪逊在大选中轻松取胜,当选美国第四任总统。